Władzami uczelni według statutu Instytutu Teologicznego są: Kongregacja Wychowania Katolickiego, Konferencja Episkopatu Polski, Wielki Kanclerz Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II - Arcybiskup Metropolita Krakowski, Biskup Sandomierski, Rektor i Senat UPJPII, Dziekan i Rada Wydziału Teologicznego UPJPII oraz Dyrektor i Rada Instytutu.

Dyrektor Instytutu, przy współpracy z Biskupem Sandomierskim, organizuje działalność uczelni, reprezentuje Instytut, zwołuje i przewodniczy posiedzeniom Rady Instytutu oraz bierze udział w posiedzeniach Rady Wydziału Teologicznego UPJPII. Dyrektora Instytutu mianuje Biskup Sandomierski, po konsultacji z Radą Instytutu i władzami UPJPII.

Historię Instytutu pod względem kierownictwa można podzielić na trzy etapy. Pierwszy od chwili erygowania, czyli od 1992 roku do 2002, drugi - w latach 2002-2010 i trzeci od roku 2010.

Jeśli chodzi o pierwszy etap rozwoju Instytutu, czyli od 1992 do 1999 roku był on o tyle charakterystyczny, że posiadał dwuczłonowość: dyrektora i kierownika.

Ze względu na to, że dyrektorem Instytutu przez długi okres był bp prof. dr hab. Wacław Świerzawski, stąd osobą bezpośrednio odpowiedzialną był kierownik Instytutu, mianowany przez Biskupa Sandomierskiego jako - w myśl statutu - zastępca dyrektora. W myśl statutu „Dyrektor Instytutu posiada zastępcę. Kandydata na zastępcę dyrektora proponuje nowo wybrany dyrektor i zatwierdza go Rada Instytutu poprzez głosowanie”. Z tej racji, że do 2002 roku obowiązki Dyrektora pełnił założyciel Instytutu, istniała potrzeba powołania zastępcy, którego funkcja w nazwie przyjęła się jako Kierownika Instytutu.

Kolejno funkcje tą sprawowali:

1. Ks. dr Adam Kończak (1992 - 1993),
2. Ks. dr Eugeniusz Piotrowski (1993 - 1995),
3. Ks. mgr lic. Wiesław Kowalewski (1995 - 1997),
4. Ks. dr Michał Mierzwa (1997 - 1998),
5. Ks. dr Jacek Łapiński (1998 - 1999),
6. Ks. dr Jan Zimny (1999 - 2002).

Do władz uczelni zalicza się także stanowisko Dyrektora Administracyjnego, który kieruje działalnością materialno - finansową Instytutu. Od chwili powołania uczelni do 1999 roku funkcję tą sprawował ks. mgr lic. Wiesław Kowalewski. Z chwilą, kiedy kierownikiem Instytutu został ks. dr hab. Jan Zimny, powierzono mu także obowiązki dyrektora administracyjnego, które pełnił do roku 2010.

W latach 2002-2010 funkcję dyrektora Instytutu pełnił ks. dr hab. Jan Zimny, prof. KUL.

29 października 2010 r. nowym dyrektorem Instytutu został mianowany ks. dr hab. Roman B. Sieroń, prof. KUL, który w latach 2006-2010 pełnił funkcję wicedyrektora uczelni.

Sekretarzem Instytutu jest mgr Anna Gajewska.

Ks. dr hab. Roman Bogusław Sieroń, prof. KUL - urodził się 6 lutego 1972 r. w Staszowie. Kapłan diecezji sandomierskiej; doktor nauk teologicznych z zakresu biblistyki (absolwent KUL i rzymskiego Angelicum), doktor habilitowany nauk humanistycznych z zakresu pedagogiki, profesor KUL. Dyrektor Instytutu Pedagogiki Wydziału Zamiejscowego Prawa i Nauk o Społeczeństwie KUL w Stalowej Woli oraz kierownik Katedry pedagogiki pastoralnej i teologii wychowania tegoż Instytutu. Dyrektor Instytutu Teologicznego im. bł. Wincentego Kadłubka w Sandomierzu; redaktor naczelny kwartalnika WZPiNoS KUL "Społeczeństwo i Rodzina" (11 pkt. MNiSW); prezes oddziału sandomierskiego Polskiego Towarzystwa Teologicznego. W latach 2008-2010 oraz 2012-2014 prodziekan Wydziałów KUL w Stalowej Woli i członek Senatu KUL. Od 2009 r. wykładowca Seminarium Duchownego i Instytutu Teologicznego Archidiecezji Lwowskiej obrządku łacińskiego. Delegat Biskupa Sandomierskiego ds. Dzieła Biblijnego. Członek zwyczajny Stowarzyszenia Biblistów Polskich. Promotor 250 prac magisterskich z pedagogiki oraz 16 prac magisterskich z teologii; recenzent 3 prac doktorskich; autor licznych opracowań i artykułów z dziedziny pedagogiki opiekuńczo-wychowawczej, pedagogiki biblijnej, teologii wychowania, teologii biblijnej, myśli społecznej Jana Pawła II. Kanonik honorowy kapituły konkatedralnej w Stalowej Woli, odznaczony Medalem Komisji Edukacji Narodowej oraz odznaką "Zasłużony dla Miasta Staszowa".

Kontakt z dyrektorem Instytutu:
Ks. Roman Bogusław Sieroń
tel. 502 384 700
e-mail: erbes@interia.pl